在基督教发展的前两百年中，信徒遭受了来自政府的禁令、迫害以及民众的暴力对待，许多基督徒因此献出了生命。然而，正如教父特土良所言，殉道者的鲜血成为教会成长的种子，信徒的血流之处，便是教会繁荣的所在。
使徒行传中记录了一些早期教会遭受压迫的历史，但与后来的迫害比起来，这些都显得微不足道。
公元64年，尼禄皇帝（Nero，约37-68 A.D.）对基督教的迫害达到了残酷的极点。根据罗马史学家塔西图斯（Tacitus，约56-120 A.D.）的记载，在罗马城发生大火后，市民普遍认为是尼禄放火所致。为了转移公众的怀疑，尼禄将此罪名归咎于基督徒，并以极其残忍的手段进行惩罚。在竞技场中，许多基督徒被迫穿上兽皮，仿佛变成野兽，随后释放猎犬撕咬他们。得到如此“厚待”的殉道者算是相对幸运，其余的基督徒被捆绑在干草上，点燃后作为夜晚的火把，照亮尼禄的花园晚会。据教父革利免的记录，保罗和彼得都在尼禄的迫害中殉道。
尼禄去世后，十多年间政局平静，但到了公元81年，迫害卷土重来。当时的罗马皇帝多米田（Domitian，51-96 A.D.）下令大规模捕杀基督徒，连他的表弟一家也未能幸免。表弟革利文斯被判死刑，而他的妻子则被流放，两个儿子也下落不明。这个家庭因信仰付出了沉重的代价。多米田迫害基督徒的真正原因难以确定，但很可能是基督徒拒绝承认他为神。他打破了罗马的传统，不愿意在死后被追封为神，而是要求人们在生前称颂他。
在多米田去世后，他雅努皇帝（Trajan，53-117 A.D.）虽然没有积极追捕基督徒，但他也遵循严厉惩治基督徒的原则。任何被指控为基督徒的人，都要进行彻底调查，要求他们向罗马皇帝的像献酒，表示清白，不然就面临处决。
从小亚细亚一位巡抚皮里钮与雅努皇帝的通讯中，我们可以看到基督徒的困境。皮里钮在上表中写道，因为之前未处理过基督徒的案件，他不知道应如何处理。他表示，对于被控基督徒的人，他将进行审问，如果他们承认自己是基督徒，他将使用刑罚来威胁他们。如果他们依然坚持自己的信仰，则必须处以死刑。
而雅努的批示则表示：“你在处理基督徒案件时做的很正确……对于那些否认基督徒身份的人，则必须敬拜我们的神以示清白……”
在雅努的统治下，包括耶路撒冷的主教西面（Symeon）和安提阿的主教伊格纳丢（Ignatius of Antioch，35-107 A.D.）在内的许多主教殉道。
雅努的政策继续被之后的皇帝延续，尽管许多信徒依然遭受殉道。示每拿的主教坡旅甲（Polycarp，70-155 A.D.）在皮雅斯大帝（Antoninus Pius）统治期间也殉道。坡旅甲的殉道故事令人感动。他被带到竞技场，巡抚给他最后一次机会，只要在众人面前否认基督，就可获得释放。坡旅甲坚定地回应：“我已经事奉我的主八十六年，祂从未亏待我，我怎可能羞辱那位拯救我的君主？”巡抚威胁说：“那我只能送你去喂野兽。”坡旅甲回应：“来吧，放火给我！你以火来威胁我，但火不过燃烧一小时，而你却忘记了永不熄灭的地狱之火。”巡抚愤怒地告诉群众：“坡旅甲声称自己是基督徒！”随后暴民蜂拥而上，将他焚烧致死。
至公元161年，奥热流皇帝（Marcus Aurelius）上任，局势又发生了变化。奥热流对基督徒的狂热信仰感到愤怒，开始对他们进行更加严厉的迫害。尽管一些基督教教父进行了辩护和解释，试图说服皇帝，但反响冷淡。同时，地震、水灾、瘟疫和火灾频繁发生，基督徒被指责为这些灾难的根源，迫害愈演愈烈，在暴民的鼓动下，杀害基督徒的事件屡见不鲜。正如史学家沙夫所描述的：“满街都是殉道者的尸体，这些尸体被肢解后焚烧，余下的骨灰则洒向河中，以免污染大地。”在这一时期，出现了许多激动人心的殉道故事。一名叫洗弗连纳（Symphorinus）的年轻信徒因坚持信仰而被判处死刑。他的母亲在行刑前鼓励他说：“我儿，要坚强，无需畏惧死亡，因为它将引领你进入真正的生命。仰望那在天上执掌权力的主。你的地上生命并未真正被夺走，而只是转化为天上的生命。”
从公元161年至222年，教会经历了巨大的迫害；以辩道著称的教父犹斯丁（Justin Martyr）也在166年殉道。公元222年至250年间，教会稍有喘息之机，因当时的迫害暂时平息。然而，这种平静反而催生了一些基督徒的失误。在这段平稳时期，许多基督徒逐渐松懈，直到公元250年德修皇帝（Decius）下令所有信徒放弃信仰，向罗马的神明献祭，拒绝者一经警告再犯就会被处决。许多基督徒因未能保持警惕，贪念安逸生活而背离真道。等到局势稍缓时，这些信徒要求重新加入教会，这便引发了一个严重的问题：教会应否接纳这些叛教者？对此，意见不一，有人支持接纳，也有人认为应将他们拒之门外，教会因此出现分裂。
从公元260年至303年，这段时期相对平静，教会得以快速发展，信徒人数激增。但到了公元300年左右，戴克里先皇帝（Diocletian）为了统一罗马帝国，要求公民必须信奉同一宗教，这让基督徒成为了他重点打击的对象。公元303年，他下令摧毁教会，基督徒必须在信仰与生命间二选其一。他还命令基督徒交出圣经，并焚烧。许多基督徒殉道，一部分人则选择隐匿，还有些为了保全性命而背弃信仰。紧接着更加严厉的迫害降临。公元308年，加利流（Galerius）下令，所有人除需向罗马的神献祭外，市场上的食物一律需浸洒祭酒，逼迫基督徒食用“祭物”，否则将饿死。然而，这段苦难的日子很快结束。公元313年，罗马政府宣布容忍基督徒，十年后，君士坦丁大帝（Constantine the Great，288-337 A.D.）即位，他归信基督教，带动大部分罗马国民的归信，而基督教也逐渐成为罗马帝国的国教。
基督徒被迫害的原因
我们或许会问，为什么罗马帝国如此严厉地迫害基督徒？当时罗马的文化正面临崩溃，诸多东方宗教纷纷兴起，为什么这些宗教并未遭受类似的迫害，而唯有基督教受到如此对待？
基督教受到严厉迫害的首要原因是，基督徒热情洋溢地传播福音，这严重威胁到了罗马国家宗教的生存。其他东方宗教没有表现出如此积极的传教精神，所以其影响力较小，而且这些宗教往往与罗马已接受的信仰相近，含有混合主义元素。然而，基督教始终坚守自身的独特性，声称自己的信仰是绝对的真理，不愿与其他宗教妥协或相提并论，这激怒了维护罗马宗教的统治者，也让其他宗教的信徒感到厌恶。
其次，罗马当局认为基督徒行使神迹，行为违反了当时的禁止巫术法令。
第三，初代教会的信徒大多属于社会底层，这些贫苦和无权的群体往往受到压迫和轻视。基督教因而被视为低贱者的迷信，遭到当权者的鄙视。
第四，基督徒在当时的人眼里过于狂热，他们所倡导的圣洁、仁爱、和平和公义被认为是幻想。当基督徒无所畏惧地实施这些理想时，虽然令一些人钦佩，但也引发了广泛的不安。基督徒拒绝参与罗马社会盛行的竞技活动，反对观看战犯和奴隶搏斗，许多人因此对基督徒愈加反感。
第五，基督徒紧密团结，使人们怀疑他们是否有政治阴谋。基督徒在法律面前恪守神的律法，并视其为绝对真理。许多基督徒因不愿意持械参军而被视为罪不可赦，另外，他们的诉讼也往往从不寻求法院审判，而是将裁决交由主教处理，对于自诩法律公正的罗马政府而言，这无疑是一种侮辱。
最后，基督徒的生活方式对当时的社会制度构成了威胁。例如，基督徒在信仰下释放奴隶，这种行为在当时显得极其反常，没有政府批准而释放奴隶可能会被判死刑。基督徒为遵循爱与平等的命令，冒着生命危险解放奴隶，这加深了对他们的敌视。